Το 1937 η δικτατορία Μεταξά μετέτρεψε την Ακροναυπλία σε «στρατόπεδο κράτησης κομμουνιστών» με σκοπό να συγκεντρώσει εκεί τα στελέχη του ΚΚΕ και με επιδίωξη την ηθική και φυσική εξόντωσή τους. Από τις φυλακές πέρασαν εκατοντάδες μέλη και στελέχη του ΚΚΕ και του εργατικού κινήματος.
Στις 29 Οκτώβρη του 1940, μία μέρα μετά την ιταλική επίθεση, οι κρατούμενοι της Ακροναυπλίας ζήτησαν να σταλούν στο Μέτωπο για να πολεμήσουν. Το καθεστώς Μεταξά όχι μόνο απέρριψε το αίτημά τους αλλά παρέδωσε σιδεροδέσμιους τους αγωνιστές στις γερμανικές αρχές κατοχής το 1941. Πολλοί από αυτούς εκτελέστηκαν στη συνέχεια από τους κατακτητές στο Σκοπευτήριο Καισαριανής και σε άλλους τόπους εκτελέσεων.
Η φυλακή της Ακροναυπλίας έκλεισε οριστικά το 1966 και κατεδαφίστηκε το 1970-1971.
